Entrando si notano subito i tre altari. L’altare maggiore “tutto costrutto di marmi bianchi con i rispettivi riquadri di marmi fini di colori, con rispettive cornici e rilievi, bronzi dorati” e i due laterali “costrutti di marmi tutti nobili con colonne dorate, di disegno rigoroso d’architettura”.

Le cappelle laterali, di sobrie forme classiche, sono sormontate da figure di angeli in marmo.

Volgendo lo sguardo verso l’alto, sulla volta del presbiterio si vedono due angeli in volo che sostengono un crocifisso ligneo, opera di Andrea Appiani.

All’altare laterale destro abbiamo la più antica e pregiata opera oggi nella chiesa di S. Giovanni Battista: il grande e drammatico Crocifisso. Questo “miracoloso Crocifisso” si trovava a Milano “ presso la Chiesa della Scala lo si esponeva per le pubbliche calamità. e si portava per tali occasioni in processione”. In seguito alla demolizione di S. Maria della Scala (1776), la scultura era stata acquistata da Claudia Caterina Clerici (1736-1824), moglie del conte Vitagliano Bigli (1731-1804). I due aristocratici, proprietari a Robecco della dimora oggi nota come Villa Gaia, ne fanno dono alla edificanda chiesa.

Sul lato sinistro vi è una tela rappresentante San Francesco che riceve le sacre stigmate; di autore ignoto, datato tardo ‘500 e restaurato dalla scuola d’arte Beato Angelico di Milano nel 1989.

Al centro dell’abside sopra il coro ligneo è collocata una tela raffigurante i quattro evangelisti con i relativi simboli; di autore ignoto, datato tardo ‘500 circa. (Restaurato dalla scuola d’arte Beato Angelico di Milano nel 1988).

L’altare laterale sinistro è sormontato dalla statua lignea della Madonna del Rosario con il Bambino in braccio ricoperta da veri abiti di seta e filo d’oro e una corona d’argento sul capo. La statua è stata ivi collocata nel 1735 in sostituzione di un’altra statua della Madonna proveniente nel 1651 dalla chiesa dei Carmelitani di Casterno.

Sul lato si può vedere una tela raffigurante lo Sposalizio della Vergine. L’autore è Giovanni Battista Costa; la datazione è tardo ‘600. I principali personaggi dell’opera Maria e Giuseppe che consacrano il loro amore dinnanzi alla figura di un sacerdote del tempio, Giuseppe porge a Maria l’anello nuziale. Gli sposi sono circondati da alcuni personaggi, ai loro piedi un putto sembra che si stia divertendo, giocando con due rami secchi. (Restaurato dalla scuola d’arte Beato Angelico di Milano nel 1990).